Este é um dispositivo comum em toda a ficção - a inconsistência entre os diferentes usos de uma palavra.
Tecnicamente, um girino é um "sapo pequeno", assim como um bebê é uma "pessoa pequena": a diferença de idade diminui seu tamanho, e certamente não muda sua espécie, mesmo que normalmente não pensemos em girinos como sapos.
A única explicação no universo que eu posso imaginar é que a solução de encolhimento não opera sobre princípios lógicos de mudar o tamanho daqueles que ela afeta, mas é literalmente uma solução encolhendo : ela opera sobre o significado da palavra pequeno, com todas as inconsistências e nuances da fala humana. Isso é mágica, afinal de contas, e tem sido consistentemente demonstrado em toda a série que a pronúncia errada de um feitiço ou a falta de concentração quanto aos seus objetivos podem produzir resultados desastrosos (ou pelo menos inesperados). Isso parece indicar que a magia no universo de Harry Potter é, até certo ponto, pelo menos dependente das intenções e / ou expectativas do usuário. Isso não é exatamente "canhão", mas acredito que seja uma inferência lógica do material canônico.
Para ser franco, no entanto, esse tipo de inconsistência lógica é tão difundida na ficção científica e na fantasia que duvido muito que exista uma verdadeira explicação canônica.