A resposta para a sua pergunta é sim, com a ressalva obrigatória de que você sempre pode ser impedido de entrar apesar de ter documentos válidos se o oficial da fronteira decidir que você é inadmissível por algum outro motivo. Isto é obviamente improvável.
O tratamento dos portadores de visto Schengen da Croácia não está de forma alguma limitado a uma única entrada, nem depende do país de onde o viajante está chegando:
All third-country nationals who are holders of valid Schengen documents, as well as national visas and residence permits of Bulgaria, Cyprus, and Romania do not require an additional (Croatian) visa for Croatia.
Third-country nationals who are holders of:
uniform visa (C) for two or multiple entries, valid for all Schengen Area Member States;
...
do not require a visa for transit or intended stays in the territory of Croatia not exceeding 90 days in any 180-day period.
...
The period of validity of the above mentioned Schengen, Bulgarian, Cypriot, and Romanian documents must cover the duration of the transit or stay.
Isso significa que seu visto Schengen de entradas múltiplas, embora seja válido, permite que você gaste até 90 dias em qualquer período de 180 dias na Croácia.
Se você precisa de um visto para a Bósnia e Herzegovina, é claro que é uma questão separada. Você deve encontrar a resposta na página de vistos do Ministério das Relações Exteriores . Há um link para selecionar o idioma inglês no canto superior direito da página. (Houve uma isenção para os titulares de vistos Schengen a partir de 2014, mas não consigo encontrar uma página web do governo bósnio atual que menciona isso, por isso não tenho certeza de que ainda está em vigor. 2014 documento (pdf) diz que esta disposição permite uma estadia de 90 dias , mas uma emenda (pdf) de 2017 a> limita a duração de qualquer estadia individual a 30 dias.