A resposta de TylerShads já cobre muito bem onde na série vemos evidências de que Jeff está sendo favorecido pelo Dean, então vou apenas adicionar um pouco da minha visão sobre o "porquê":
Ao longo da série, torna-se uma piada que o Dean é, digamos, um grande excêntrico.
Por exemplo, ele se veste regularmente em trajes estranhos sem qualquer razão adequada. Mais do que muitas vezes em roupas femininas também. Em episódios posteriores, também se torna aparente que ele parece ter um fetiche dálmata.
Também é sugerido mais de uma vez que o reitor pode ser gay. Podemos ver isso, por exemplo, na interação em sua estranha relação amor / ódio com o rival Dean da City College.
Na minha opinião, é bastante claro que esta é a razão pela qual ele tem um fraquinho por Jeff. Ele se sente atraído por ele e regularmente faz observações sobre o quão atraente Jeff é. Um exemplo disso pode ser encontrado no episódio 3x12 "Contemporary Impressionists", onde Jeff usa óculos de sol Aviator, e assim que o Dean o vê, ele cai no chão gritando.
Oh my god, even his shadow! Look at his shadow!
Então, em conclusão, eu acho que o Dean gosta tanto de Jeff porque ele é muito bonito, e o Dean se sente atraído por ele.