Você disse
At the switch box there is a light switch that is for the vanity light and one that controlled the old fan.
Então você está removendo essa opção e substituindo-a por uma nova? Não está exatamente claro o que você está tentando fazer. Um desenho ou imagens ajudariam.
Se o novo ventilador tiver uma luz, você precisará usar o fio preto para o ventilador ou a luz e o vermelho para o outro. O novo interruptor deve ser alimentado com um fio "quente" (um que é energizado o tempo todo) e um dos pretos vai para a luz e o outro para o ventilador.
Espero que ajude.