Eu provavelmente também iria para a serra circular. Certifique-se de usar uma serra circular de profundidade variável e defini-la com a mesma espessura das placas de piso existentes, para que você apenas as apare e nada abaixo delas. Então, para as últimas peças ao lado da parede onde a lâmina circular não vai chegar, você pode usar um martelo e um cinzel para derrubar o último pedaço.
Quanto à escuridão: Supondo que você queira que as placas de "enchimento" se misturem com os pisos existentes, eu aconselho a lixar todo o piso e re-envernizar / encerar o piso. A escuridão é mais provável sujeira ou uma mancha de umidade que se acumulou ao longo dos anos, quando o lixamento dar atenção especial para estes pontos para certificar-se de que você areia-los, mas apenas certifique-se de não ir muito fundo. Meus pais têm um piso de jacarandá e uma vez a cada dois anos eles lixam o chão inteiro e aplicam cera nova a ele, depois parece novo.