Se você parar de pensar nisso como bons / maus, isso fará mais sentido.
Nos Episódios I, II e III, A República tem armas laser verdes e nos Episódios IV, V e VI O Império tem armas laser verdes.
Lembre-se que uma dessas instituições veio da outra e, por extensão, adquiriu todo o seu complexo militar existente. Não mencionou todos os navios que já existiam com lasers verdes.
Então, basicamente, Lucas estava usando os lasers verdes para mostrar conexão e prenúncio entre a República e o Império. E os lasers vermelhos são simplesmente para fornecer contraste.
A razão fora do universo para essas cores é coberta muito bem por esta resposta .
US and NATO (1st world nations) tracer rounds are standardized as red in color, whereas the second world countries associated with the USSR used green (in particular, Communist China used green pretty exclusively according to the sources I've found). This means that Americans who fought in Vietnam or Korea would associate green rounds with the enemy and red rounds with friendlies. There are exceptions to this rule but it generally held. This is consistent with the blaster rounds in star wars.