Minha leitura dos códigos de Schengen é que (1) está correta.
A segunda conclusão está claramente incorreta, uma vez que a restrição é expressa no Código das Fronteiras Schengen (do artigo 6.º, secção 2):
Periods of stay authorised under a residence permit or a long-stay visa shall not be taken into account in the calculation of the duration of stay on the territory of the Member States.
Não há como ninguém interpretar os 15 dias que você já passou na Alemanha como tendo sido autorizados com o visto ou permissão que recebeu hoje.
A terceira conclusão também não é encontrada no código em si.
A interpretação mais razoável do texto citado é que os dias que você passa na Alemanha durante a validade de sua permissão são excluídos do cálculo, e isso leva à primeira conclusão.
Pode-se argumentar que a frase "períodos de permanência autorizados sob uma permissão de residência ou um visto de longa permanência" inclui o tempo gasto em países de Schengen que não aquele que está emitindo o visto, mas isso leva a um resultado que claramente não é pretendido pelo texto do código, ou seja, que uma autorização de residência de um país Schengen permite ao seu titular gastar todo o período de sua validade em outro país Schengen. Isso leva à conclusão de que a frase apenas indica períodos de permanência no país emissor. Eu não sei se algum tribunal decidiu sobre essa questão, no entanto.Como não há aplicação sistemática da regra 90/180 para pessoas com vistos de longa permanência ou autorizações de residência, é improvável que você tenha problemas se passar mais de 5 dias em outros países do Espaço Schengen. O mais provável é que surjam problemas apenas se você cair em conflito com a polícia por algum motivo.