Ao contrário dos EUA, Schengen não tem noção do seu "período de 90 dias" e nunca há nada para "redefinir" em algum limite. As regras de Schengen são de que você não pode estar no espaço Schengen por mais de 90 dias em qualquer período de 180 dias sem um visto de longa permanência. Não importa quanto tempo suas estadias são ou onde você está no meio; O que importa é o número total de dias que você está em 180 dias. Se você acabou de passar 90 dias seguidos no espaço Schengen, não importa para onde você vai, mas você não pode reentrar por 90 dias. A única maneira legal de contornar isso é um visto de longa permanência.
Quanto às consequências: não posso falar sobre a aplicação prática das fronteiras, mas em geral é melhor não infringir a lei na esperança de que você não seja pego. Especialmente se você pretende solicitar um visto de longa permanência mais tarde, eles podem dar mais atenção ao seu histórico de viagens, e estadias prolongadas podem fazer com que eles se preocupem com a possibilidade de você não sair quando o visto de longa permanência acabar.