A resposta simples é, depende! Cada companhia aérea, e às vezes até mesmo cada aeroporto, terá regras diferentes sobre o que é e o que não é permitido.
Como regra geral, a maioria das companhias aéreas NÃO irá verificar automaticamente a sua bagagem para uma conexão durante a noite. Você normalmente precisará coletar sua bagagem quando pousar e verificar novamente na manhã seguinte. Isto é normalmente uma coisa boa, pois permite o acesso à sua bagagem para a sua estadia nocturna.
No entanto, isto não é verdade para todas as companhias aéreas - algumas irão verificar a sua bagagem, especialmente para estadias curtas durante a noite (por exemplo, chegar às 23: 30h, saída às 05: 30h).
A única maneira de descobrir exatamente o que eles vão fazer é perguntar à companhia aérea, e mesmo assim você pode descobrir que, quando você chega ao aeroporto, eles fazem algo diferente de qualquer maneira!
Se você quiser ter acesso à sua bagagem no ponto de parada, basicamente todas as companhias aéreas honrarão esse pedido no momento do check-in. Isso é chamado de "checagem breve" e, embora nem todas as companhias aéreas façam isso de uma maneira geral, todas elas devem ter uma escala noturna.
Se você quiser que eles guardem sua bagagem durante a noite, isso pode ser um pouco mais difícil. Algumas companhias aéreas, e até mesmo alguns aeroportos, têm políticas que eles simplesmente não farão isso - então, enquanto você pode perguntar, esteja pronto para uma recusa. A única vez que você pode ser capaz de convencê-los a fazê-lo de outra maneira é recusar se você não puder passar pelo controle de passaportes no país de conexão (por exemplo, você não tem visto), caso em que você não Ser capaz de recolher a sua bagagem - neste caso, eles podem estar mais dispostos a verificá-lo todo o caminho, no entanto, eu não apostaria nisso sempre ser bem sucedido.