Também pode ser que, como @JanusBahsJacquet mencionou, ele ouviu uma conversa sobre ela status no escritório do Diretor, seja durante a de Dumbledore, ou mais provavelmente, durante o tempo de Snape. Não vamos esquecer que Snape era diretor no tempo em que o Lorde das Trevas governava a Inglaterra mágica. Além disso, por causa dele supostamente 'assassinar' Dumbledore, ele estaria no topo da lista de favoritos de Voldemort, talvez até o mais alto entre os Comensais da Morte (especialmente desde que Bellatrix e Malfoy ainda estavam sendo punidos pelo desastre no Ministério). Hermione era conhecida por estar perto de Harry, e então os Comensais da Morte estariam se esforçando tanto em procurar por ela quanto por Harry. Então, algumas notícias de seu paradeiro poderiam ter sido passadas para Snape, com os Comensais da Morte obviamente se referindo a ela como uma 'sangue-ruim'. Há uma conversa que ocorre que pode dar uma ligeira iluminação a isso:
And now Snape stood again in the headmaster’s study as Phineas Nigellus came hurrying into his portrait.
“Headmaster! They are camping in the Forest of Dean! The Mudblood—”
“Do not use that word!”
“—the Granger girl, then, mentioned the place as she opened her bag and I heard her!”
Harry Potter and the Deathly Hallows, Chapter 33: The Prince's Tale.
Então, Snape e Phineas já tinham discutido sobre ela antes, ou Phineas estava presente em seu retrato no escritório do diretor quando Snape a discutiu com outra pessoa.