Esta parece ser todas as referências intencionais.
Para fins de conclusão, aqui estão as quatro referências conhecidas.
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A serenidade foi inspirada no Millenium Falcon
Esta não é uma referência estritamente no programa, mas como você mencionou em sua pergunta, Whedon usou o Millennium Falcon como inspiração para Serenity . -
Um ônibus imperial aparece no episódio piloto
Em S01E01 O trabalho de trem você pode ver um ônibus de Lambda-classe T-4a (o navio que Darth Vader pisa na segunda Estrela da Morte) sobrevoa. -
O Starlight Intruder no episódio 6
Como você também mencionou em sua pergunta, em S01E06 Shindig você pode ver o (agora) Legends ship Starlight Intruder . -
Han Solo em carbonita
Enquanto você menciona apenas nessa foto, ela aparece várias vezes durante o show. Há rumores de que eles pegaram Carbonite-Solo em todos os episódios. Você pode ver uma lista aqui de todos os locais conhecidos. Note que provavelmente está faltando, uma vez que é de 7 anos neste momento.