Requisito de visto de trânsito para aeroporto de Schengen para um nigeriano com um visto F-1 vencido

TIMATIC , o banco de dados usado pelas companhias aéreas, declara:

Visa required, except for Nationals of Nigeria, holding onward tickets transiting by the same or first connecting aircraft and meeting one of the following conditions:

• holding a valid visa issued by Bulgaria, Canada, Croatia, Cyprus, Ireland (Rep.), Japan, Romania, USA or United Kingdom, traveling to any non-Schengen Member State;
• returning from Bulgaria, Canada, Croatia, Cyprus, Ireland (Rep.), Japan, Romania, USA or United Kingdom after having used the visa;

Observe que " um das seguintes condições".

Como você está voltando dos EUA depois de ter usado o visto, o visto não precisa ser válido.

Em outras palavras, o contador da companhia aérea estava errado e, como é óbvio que estão com preguiça de pesquisar as regras, recomendo strongmente que você imprima a página vinculada (clique na palavra "Timatic" e a página mostrará)

Você não precisa de um visto de trânsito para Amsterdã.

De acordo com a A Embaixada da Holanda na Nigéria ,

You do not require a Schengen airport transit visa, if you:

• Hold a valid visa or residence permit issued by a Schengen state.
• Hold a visa valid for a member state of the European Union or the European Economic Area, Canada, Japan or the United States.
• Hold a valid residence permit issued by a member state of the European Union or the European Economic Area.
• Hold a residence permit issued by the Principality of Andorra, Canada, Japan, the Republic of San Marino, or the United States, that guarantees unrestricted right of return.
• Are a family member of a citizen of the European Union, the European Economic Area or Switzerland.
• Hold a diplomatic passport.
• Are on-duty aircrew and a national of a country that is a party to the Chicago Convention on International Civil Aviation.

O ponto em negrito é importante no seu caso (a ênfase é minha). Como o seu visto F-1 expirou, os EUA não deixariam você usar este visto, ou seja, você não tem um "direito irrestrito de retorno" para os EUA.

Portanto, a menos que pelo menos um outro ponto se aplique, você faz precisa de um visto de trânsito aeroportuário para transferir no AMS. Observe que sempre que um visto para qualquer país é mencionado, ele sempre deve ser válido, não expirado, não cancelado e, no caso de visto único, não utilizado.

O site como link acima também contém informações sobre como solicitar o visto de trânsito.