Você está absolutamente certo. A clara implicação dos quadrinhos (disponível on-line) é que Kara Zor-El (AKA Supergirl) veio à Terra na escuderia que vemos no filme, uns 18.000 anos atrás.
Há alguns pontos a serem observados:
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O universo do filme não é o universo dos quadrinhos. Embora os personagens sejam os mesmos, não há razão para supor que seus cronogramas ou idades sejam os mesmos.
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Pelo menos um dos contemporâneos de Kara ( Nam-Ek ) vive o suficiente para se juntar às forças de Zod no filme.
Os criptonianos são essencialmente imortais. 18.000 anos poderiam facilmente ter passado por Krypton entre o lançamento dos scoutships e o lançamento do pod carregando o recém-nascido Kal-El.