Primeiro, lembre-se que Peter não veio da linha do tempo onde ocorre a 5ª temporada, ele vem da linha do tempo da temporada 1-3. Na linha de tempo da temporada 4-5, ele morre de sua doença, mas reapareceu na linha do tempo da 4ª temporada de alguma forma (veja quase toda a 4ª temporada para o como e por que).
Os eventos do final da quinta temporada criaram uma terceira linha de tempo que se origina mais tarde na segunda linha do tempo. Apesar do fato de que, dezembro diz a setembro que "Se seu plano for bem sucedido, nós deixaremos de existir." Os observadores ainda existem, mas eles são diferentes dos que nós conhecer e mais como Michael (anomalia XB-6783746). Essa diferença não proíbe a existência da equipe científica original que viajou no tempo para observar a humanidade primitiva. Então, isso não mudou os eventos que ocorreram na primeira linha do tempo, como a recuperação / sequestro de Peter e o cruzamento de Peter da primeira linha de tempo para a segunda (e a terceiro).
Walter deu a entender que o ponto em que as linhas do tempo se separam é a invasão dos Observadores.
Because, Peter, the boy and I, we will become a paradox. Nature abhors a paradox. It has to heal itself. It does so by deleting me and the boy at the moment of the invasion. The boy and I will disappear after 2015.
-Walter Bishop, explaining to Peter why he must goes in the season 5 episode 13 (series finale).
O plano parece apenas ter impedido os Observadores de invadirem nossa era sem alterar a história anterior.