Sim, é, e é mais uma prova de que a Federação pode ser hipócrita.
A Federação afirma ser aberta, livre e aceita, e como prova, parece que são todas essas coisas. Mas algumas vezes, algumas pessoas podem ser totalmente hostis, intolerantes e preconceituosas.
O exemplo que você fornece é, como você disse, a definição de preconceito; "Um julgamento adverso ou opinião formada de antemão ou sem conhecimento ou exame dos fatos." Dois Ferengi aparecem e Riker os quer "não muito próximos". Não porque eles estão em guerra com os Ferengi, eles não são. Não porque eles têm uma relação do tipo Cold-War, porque eles não têm. Não porque Riker os considera uma ameaça à segurança, porque naquela época eles não são.
Ele os quer longe porque eles são Ferengi e eles gostam de dinheiro. Tentando "justificar" isso como "OK" porque "All Ferengi are Greedy" ou " Eles amam dinheiro "é muito nojento; nem todo Ferengi é ganancioso (alguns são positivamente filantrópicos, pelo menos medidos em relação a outros ferengi). Aprendemos no DS9 que muito do que os Ferengis acreditam são devidos à sua educação cultural; eles estão fazendo certo pelo seu próprio livro. Se eles não estão ativamente prejudicando você e sendo gananciosos ... isso é realmente uma base para desejá-los "longe"? Eu diria: não. É preconceito.
Riker fala sobre os Ferengi como se eles fossem "crianças" em seu primeiro encontro no The Last Outpost da primeira temporada. A baixa opinião de Riker sobre Ferengi cheira muito a preconceito. Então, sim, ele está sendo preconceituoso e provavelmente tecnicamente racista ("Você é ruim porque você é Ferengi").Parte do problema aqui é que Star Trek foi um show de "Planet of Hats" até o DS9. Em TNG e TOS, Romulanos eram Sneaky, Klingons estavam Irritados e Ferengi eram Greedy. Cada espécie foi definida como uma caricatura estreita e sempre usada como tal. Em um universo real de "Planets of Hats", é crível que você pudesse pré-julgar alguém com base em sua espécie. Mas o Star Trek VI, DS9, e a Voyager abriram um universo muito mais diversificado. Klingons poderiam ser diplomatas. Ferengi poderia ser magnânimo. Os humanos poderiam ser rebeldes lutando contra a "Federação Livre". Considerando que Star Trek VI ocorre antes da TNG na linha do tempo, eu classificaria Riker como racista.
O preconceito é ruim? Ah, agora essa é uma pergunta diferente, e uma que não estou qualificado para falar. Cérebros humanos são filtros de dados de carne molhada, e nós fazemos um trabalho ruim nisso (apenas mal o suficiente para permanecermos vivos). Eu diria que você não deveria deixar sua carteira na mesa ao lado de um Ferengi que você nunca conheceu. Mas não porque ele é um Ferengi ... porque a sua experiência com a cultura deles permite que você saiba que eles vão pegar sua carteira e se sentir bem com isso. Você pode até argumentar que esconder a sua carteira é RESPEITO pela cultura Ferengi, mostrando que você não é ingênuo e reconhece o valor que a sociedade tem em dinheiro ... mas isso é um problema que eu não vou andar na Internet.