What problems could there be regarding my situation?
Você pode ser impedido de entrar nos EUA. Já que você já tem um visto B, isso provavelmente é improvável.
Are there any extra steps in me taking an international flight within the US as a foreigner?
Não realmente. A companhia aérea notificará sua saída para o governo dos EUA, assim você pode ter que mostrar seu visto dos EUA quando sair para o Japão, mas o processo será essencialmente o mesmo que para um cidadão americano.