Assumindo que a flange é sólida (parece muito desgastada e enferrujada), você pode tentar criar uma plataforma de cerâmica que levante a taça para ficar nivelada no flange e no chão. Você está certo de que um flange levantado é um problema porque a oscilação acabará quebrando o lacre de cera e permitindo vazamentos e cheiros, sem falar em deixar o usuário desconfortável.
Parece que você tem algum tipo de piso de vinil sob a tigela agora. Se for esse o caso, você poderia trabalhar em um layout de ladrilho, pelo menos um pouco mais largo do que a pegada da tigela, em seguida, cortar o vinil apenas fora do novo limite de ladrilho. Remova o vinil e fixe a cerâmica ao subfloor. Você pode querer usar uma base de membrana de ladrilho sobre o subpavimento e sob o ladrilho para melhor aderência e resistência à água.
Obviamente, você precisa encontrar um azulejo que seja suficientemente alto com o vinil removido e permitindo a membrana (se você usá-lo) e um pouco de adesivo. Depois que o ladrilho for colocado e secado, você poderá selar a nova plataforma de ladrilho ao resto do piso de vinil com uma calafetagem de boa qualidade ou selante de silicone.
Se a flange não for sólida (e a taça estiver aparafusada à flange), tem de ser substituída, normalmente um trabalho que precisa de ajuda profissional.