Palpatine pode não ter gostado dos clones
O Império tinha uma política codificada de xenofobia. Wookies e Twi'leks eram frequentemente escravizados, por exemplo. Isto foi definitivamente algo promovido pelo próprio Imperador, e não meramente a atitude predominante:
Palpatine and his propaganda machine worked to drive that nail of bigotry deeper by demonstrating how the old Jedi thugs and the scumfroth rebels consisted of many more nonhumans than humans. You could trust a human, the Empire said; aliens would always betray you.
Star Wars: Aftermath: Life Debt
É difícil dizer o quanto Palpatine comprou isso. Ele era hipócrita, na melhor das hipóteses: seu antigo aprendiz Darth Maul era um Zabrak, por exemplo. No entanto, parece provável que Palpatine, sendo ele mesmo humano, extremamente arrogante e, na verdade, fonte de grande parte da propaganda do Império, poderia ter acreditado que os não-humanos fossem inferiores.
Se este fosse o caso (ou mesmo se não fosse), não seria extraordinário para ele ter uma atitude semelhante em relação aos clones. Eles tinham pouca expectativa de vida, eram cegamente obedientes e (de acordo com o material now-Legends) eram incapazes de exercer efetivamente o poder do Lado Negro: todas as coisas que Palpatine provavelmente desprezaria.
O Star Destroyer que vemos no final provavelmente não é um navio comum. Está transportando Palpatine e Vader para ver a construção da Estrela da Morte. Como tal, pode ser um carro-chefe ou outro navio importante para Palpatine. Em todo caso, se Palpatine acreditava que os clones eram inferiores, seu primeiro passo provavelmente seria garantir que os navios importantes não tivessem clones entre seus oficiais.