Dr: Os clone troopers não derrubaram Palpatine porque eles não achavam que ele estava agindo contra os interesses da República e eles não receberam ordens para fazê-lo.
Existem dois significados da palavra "república". Para maior clareza, vou usar a R-república capital para se referir à aliança de milhares de planetas na galáxia, e a república a minúscula para se referir ao sistema de governo.
Os clone troopers eram leais à República, mas não a forma republicana de governo. Quando o nome e a forma do governo mudaram, ainda era a mesma aliança de planetas, e os clone troopers permaneceram leais a ele. Se os clone troopers tivessem uma opinião sobre a mudança, eu diria que eles seriam a favor dela, como muitos outros na galáxia foram (a liberdade morre com estrondosos aplausos). O sistema de operação GAR era autoritário, como todos os militares são, e teria parecido perfeitamente natural para eles que o governo civil fosse o mesmo, já que era tudo o que eles sabiam.
Mesmo se os clones sentissem que Palpatine estava agindo contra os interesses da República, eles provavelmente não o teriam removido do cargo. Eles removeram os Jedi somente porque foram ordenados pelo Supremo Chanceler. Se os Jedi tivessem agido contra os interesses da República, mas Palpatine não tivesse ordenado sua remoção, eles não teriam sido mortos. A remoção do chanceler teria exigido ordens semelhantes. A ordem 65, também fornecida em True Colors , declara:
In the event of either (i) a majority in the Senate declaring the Supreme Commander (Chancellor) to be unfit to issue orders, or (ii) the Security Council declaring him to be unfit to issue orders, and an authenticated order being received by the GAR, commanders shall be authorized to detain the Supreme Commander, with lethal force if necessary, and command of the GAR shall fall to the acting Chancellor until a successor is appointed or alternative authority identified as outlined in Section 6 (iv).
Por esta redação, os clones não têm decisão a tomar envolvendo o Supremo Chanceler. Ele deve ser removido se e somente se o Senado ou o Conselho de Segurança der a ordem. Obviamente, nenhuma ordem foi dada.
Uma nota final sobre a frase "nova estrutura de comando". Isto está se referindo à cadeia militar de comando, não ao governo civil. Muitos dos Jedi serviram como generais ou outros comandantes no GAR, e precisariam ser substituídos. Se o governo é uma república ou império não tem nada a ver com isso.