Os detalhes dependem do país, mas na maioria dos casos, um pedido de autorização de residência no país permite que um permaneça enquanto o pedido está pendente.
Mais importante ainda, se você for um membro da família de um cidadão da UE e estiver no país com seu familiar, a penalidade por permanecer por mais de três meses sem se registrar deve ser proporcional, o que significa que deve ser semelhante ao penalidade que um cidadão daquele país enfrentaria por uma omissão semelhante. Você não pode ser removido do país nem banido dele. Mas parece que você tem registrado (isto é, aplicado para o seu cartão de residência), então você está totalmente em conformidade com os requisitos da diretiva.
Os países não são obrigados a aplicar a diretiva aos membros da família de seus próprios cidadãos, exceto em casos limitados, embora alguns o façam. Se o país em que você está é o país da cidadania do seu cônjuge, o ângulo de livre circulação pode não se aplicar. Mas o princípio geral no primeiro parágrafo provavelmente faz.