O programa de rastreamento que os rebeldes usavam só conseguia rastrear a célula que eles lhe davam, ou a pílula vermelha que eles lhe davam. Sem eles, eles estavam tão perdidos quanto os agentes. Presumivelmente, as mensagens que Morpheus enviou ao computador em seu apartamento foram direcionadas ao encontrá-lo por meio de sua identidade on-line e rastrear a garota com a tatuagem de coelho branco, que eles conheciam.
Como exatamente por que os agentes não puderam rastreá-lo, eles são apenas programas utilitários rodando dentro do Matrix, sem mais conhecimento do que quaisquer outros programas (e menos que programas especiais como o Oracle e os personagens introduzidos nas seqüências) ). Eles podem se comunicar uns com os outros através de seus fones de ouvido e outros dispositivos de comunicação embutidos no mundo dos sonhos, mas não recebem tratamento especial, presumivelmente porque isso exigiria muito mais esforço. Da mesma forma, quando eles fazem coisas que estão fora da física normal da simulação, como mudar a estrutura de um edifício, cria anomalias, porque não é para ser feito. Presumivelmente eles não foram originalmente criados para ter esses poderes, mas foi adicionado como uma reflexão tardia ou eles descobriram por si mesmos.