Duas razões vêm à mente:
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Em Jornada nas Estrelas: Gerações , os motores estavam quentes por causa da recém-concluída Batalha de Veridian III. Em Star Trek: First Contact , a Enterprise esteve silenciosamente orbitando a Terra por algum tempo. Os motores frios estão presumivelmente em menor necessidade de refrigerante.
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O Enterprise-E era um navio atualizado em comparação com o Enterprise-D; Não é improvável que algumas das alterações tenham a intenção de mitigar o problema de violação do núcleo de dobra que destruiu o Enterprise-D. Na verdade, podemos ver que o Enterprise-E tem dois tanques de refrigerante de plasma na engenharia principal. Apenas um foi danificado; talvez essa redundância tenha impedido qualquer violação principal.
É reconfortante que meus pensamentos sejam ecoados pelo artigo sobre o refrigerante de plasma no wiki da Memória Alfa.