Eu acho que a mudança na casca foi apenas porque Foster morreu. Pelo que me lembro, a mudança foi mencionada apenas duas ou três vezes. Certa vez, quando Neo a encontrou logo após a mudança, a Oracle disse: "Você me reconhece?" ou alguma coisa. Uma segunda vez, quando ela disse que precisava se esconder, o que poderia ter acontecido sem a mudança de ator e uma última vez, quando o agente Smith a encontrou e eles mencionaram seu novo corpo.
Todo o resto do filme poderia ter acontecido sem a mudança de ator, então acho que não foi um grande problema.