O único problema que você tem é ir do Terminal 1 ao Terminal 2; como o único terminal que não está fisicamente conectado.
Seu visto de entrada única deve ser usado somente no seu trecho de retorno. Você não mencionou qual companhia aérea está usando; mas pode-se supor que não é da Emirates, já que você está pousando no Terminal 1.
O procedimento para sua esposa será o seguinte (isso só se aplica se a conexão for menor que 24 horas):
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Uma vez que ela chegue no Terminal 1, vá em direção a Transferências e siga para o balcão de transferências da Dnata.
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Mostre a reserva da Flydubai e suas etiquetas de bagagem. Se não houver nenhum acordo de interline entre sua companhia aérea de chegada e a flydubai, ela terá que pagar uma taxa para transferir sua bagagem. Se a bagagem dela não atender às regras do bilhete flydubai, ela também terá que pagar o excedente / excedente. Fiz uma verificação superficial e a Philippine Airlines tem um acordo de interline com a flydubai, então se ela estiver voando no PR, suas malas em Manila serão verificadas até o final.
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Ela receberá seu cartão de embarque flydubai do balcão de transferência do dnata.
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O Dnata providenciará um ônibus de transporte público para o Terminal 2
Você pode encontrá-la na área de trânsito do Terminal 2 (sugiro usar o Paul como ponto de encontro, já que é um pouco longe da área de trânsito e área de compras normalmente lotada).
Por tudo isso, você não precisa de um visto de trânsito - novamente, assumindo que o tempo de trânsito é inferior a 24 horas.
Na viagem de volta, você e ela passarão pela imigração - nesse momento, seu visto de entrada única será utilizado.