Isso não deve causar um problema. As autoridades devem estar bem conscientes de que os viajantes entram e saem do espaço Schengen através de vários aeroportos e pegam vôos de conexão, portanto não é incomum que um viajante da Índia para a Hungria chegue e parta em outro lugar e não tenha nenhum selo húngaro. não parece que há voos diretos da Índia para Budapeste).
A duração da sua estadia e o tempo da sua próxima visita podem ser uma preocupação. Parece que você passou o máximo de 90 dias na área de Schengen e está procurando fazer outra viagem quase tão logo seja permitido. Longas estadias repetidas podem causar um maior escrutínio da sua situação, especialmente se esta nova viagem for longa também.