O último é estritamente melhor. Nos casos em que você tem recursos limitados envolvidos, você pode escolher usá-los ou não com base no rolo, ou seja, o quanto você acha que precisa do efeito. Por exemplo, usar apenas um bônus quando a rolagem não é boa o suficiente, mas é pequena, ou usa apenas uma penalidade quando a rolagem é bem-sucedida, mas apenas mal - casos em que o bônus ou penalidade realmente altera o resultado.
Se você sabe ou não o número alvo é irrelevante - sabendo que permite que você seja preciso em seu julgamento, mas mesmo se você não o fizer, você geralmente pode dizer quando usar o efeito vale a pena, ou pelo menos dizer quando claramente não será. Por exemplo, quando um natural-1 é um auto-fail ou um natural-20 é um auto-sucesso, claramente gastar algum recurso para aplicar um bônus ou penalidade é uma perda de tempo.
Quando não há recursos limitados envolvidos, isso não importa (e deve ser apenas um bônus passivo).