As pilhas para o alicerce (essencialmente o que você está propondo, embora com pilhas realmente curtas) é uma excelente base. Eu sugeriria fazer alguns furos na rocha para que você possa fixar (com vergalhões de aço) a base do pilar de concreto no leito de rocha.
Eu não acho que você tenha problemas com o congelamento - isso vai acontecer, mas o leito de rocha não vai a lugar nenhum, e o prédio colocado sobre estacas de rocha também não irá.