Combinação de coisas aqui. Primeiro, como @DustinDavis menciona acima, isso não foi "projetado" para o Batman e as capacidades já estavam no veículo. Apesar do fato de que ele modifica cada veículo de seu projeto militar, Batman provavelmente viu o uso do recurso e o manteve.
Saindo disso, Batman não usa o recurso de míssil nas pessoas, ele o usa para atravessar prédios / paredes / etc. para que ele possa chegar onde precisa estar.
A capacidade também é mostrada em O Cavaleiro das Trevas Ressurge , visto no final quando ele usa o recurso de míssil para abrir um buraco em um prédio essencialmente para poder voar a bomba fora dos limites da cidade .
Simplesmente, Batman é um cara astuto e usa os mísseis para fins práticos, não violentos.