Ninguém pede o cartão de embarque entrada para comparar com o seu cartão de embarque de saída e toma decisões com base nas semelhanças entre os dois. Seria um zoológico absoluto: você pode ter um único bilhete em duas companhias aéreas, você pode ter um único bilhete que você acha que está em uma única companhia aérea, mas na verdade eles estão em operadoras diferentes, você pode ter dois bilhetes na mesma companhia aérea e quem sabe o que mais combinações são possíveis, dado que não há menos de três tipos diferentes de operadoras (bilhética, marketing e operacional). Sem mencionar que alguns passageiros criam, ahem, como chamar o que alguns de nós fazemos? ... interessante;) itinerários de voo.
Não, ter o cartão de embarque de saída é suficiente. Geralmente, o check-in online é muito mais cedo (pelo menos 24 horas, mas às vezes dias ou mesmo meses), portanto, ter um cartão de embarque eletrônico ou impresso por si só não é nada incomum nove horas antes do vôo.
Existem dois problemas possíveis: a) não há check-in online. Eu não acho que você queira voar com essa companhia em 2017, então vou ignorar este caso. Quero dizer, a Yakutia introduziu o check-in online em dezembro de 2014 e é realmente muito difícil encontrar um canto mais remoto do mundo do que aquele em que eles voam. b) se os ingressos não forem no mesmo dia. Depende de onde você transfere e como, mas se você precisar cruzar segurança ou guarda de fronteira, normalmente você precisa de um cartão de embarque no mesmo dia, embora vôos noturnos às vezes sejam exceções - basicamente, você precisa nos dar mais detalhes se os dois ingressos estiverem dias diferentes se você quiser nos ajudar.