A linha do tempo dos filmes X-men é bastante complicada, especialmente com a introdução de Days of Future Past, e muitos eventos não parecem reconciliáveis entre si. No entanto, com um pouco (ok, um monte de truques criativos), eu consegui construir uma linha do tempo que explica praticamente tudo.
Então, primeiro, eu usaria a Primeira Classe como base para a linha do tempo. Embora este filme não tenha sido produzido primeiro e tenha causado muitas interrupções na linha do tempo, é cronologicamente o primeiro. Então Charles e Erik se conheceram em 1962 quando eram ca. 30 anos (acho que os produtores disseram que são cerca de 28). O próprio Bryan Singer disse: "(...) em X-Men 1 eu escrevi pessoalmente a frase que é claro que agora me arrependo: 'Quando eu tinha 17 anos, conheci um jovem chamado Erik Lensherr' e depois em X-Men: Primeira Classe Eu mudei isso! ”, Então podemos esquecer essa linha. Charles perdeu o uso de suas pernas na Crise dos Mísseis de Cuba, em 1963, nas mãos de Magneto e eles se separaram lá e então.
Eu estou supondo que um dos problemas na linha do tempo a que você está se referindo é o fato de que, no início do Last Stand, vemos um flashback dos anos 80 (de acordo com meus cálculos, entre 1984 e 1986) em que Charles e Erik (interpretaram meu Stewart e McKellen, com divertidas reformas digitais, não McAvoy e Fassbender) são vistos recrutando Jean Grey para a escola de Xavier. No Flashback, Xavier é capaz de andar e em termos amigáveis com Magneto, embora a First Class nos mostre que eles se separaram há 20 anos. Charles também teve sua habilidade telepática.
Em primeiro lugar, a questão da capacidade de Charles andar é muito fácil de resolver após a introdução do DoFP na linha do tempo. Sabemos que em 1973, dez anos depois de Cuba, Carlos tomava um soro que lhe dava o uso de suas pernas, mas, por tomar muito do soro, tirava seus poderes telepáticos. Na linha do tempo alterada da DoFP, na qual Logan viaja de volta no tempo até os anos 70, é Logan quem consegue tirar Charles do soro. Mas na linha do tempo original, uma vez que Logan nunca esteve envolvido com Charles, ele poderia facilmente continuar usando o soro até os anos 80 e talvez até além. Como foi apenas a dosagem alta que tirou Charles de sua telepatia, é compreensível que ele simplesmente reduzisse sua dose de modo que ainda pudesse andar, mas manteve sua telepatia. Somente em anos posteriores ele finalmente chegou à vida em uma cadeira de rodas.
A questão de Magneto e do Professor X serem amigos no flashback dos anos 80 só pode ser resolvida por pura especulação. Parece-me lembrar que, na série antimoda de X-men e, acredito, também nos quadrinhos, Magneto e Charles se cruzaram várias vezes, às vezes trabalhando juntos, às vezes uns contra os outros. A mesma coisa vale para o cinema; por exemplo, em X2, Magneto trabalha junto com os X-men ... até certo ponto. Então é definitivamente possível que Erik e Charles se uniram novamente nos anos 80, e separados novamente devido a diferenças ideológicas.
Quanto ao Cyclops existente nos filmes do Wolverine, você está simplesmente confuso quanto ao período de tempo. O filme é ambientado nos anos 80, não nos anos 60. Ah, e Cyclops e Havoc não são irmãos, até onde eu sei. Eu acho que nunca foi dito que eles são, e Havoc sendo prima ou tio muito mais velho de Scott é muito mais plausível.
E por último, mas não menos importante, de acordo com a equipe do filme, a garota das irmãs Wolverine-Kayla, que exibe poderes similares a Emma Frost, que muitos acham que é Emma Frost, é na verdade um personagem completamente diferente. É estranho que eles tenham exatamente os mesmos poderes, mas coisas mais estranhas aconteceram em histórias em quadrinhos, certo? Talvez eles estejam realmente relacionados ... De qualquer forma, Emma e a irmã de Kayla são personagens secundários, e eu acho que, no grande esquema das coisas, seus poderes similares são apenas uma pequena queixa. Além disso, duvido que isso seja explicado, por isso provavelmente é apenas algo com que temos que nos reconciliar.
Além disso, não consigo encontrar nada nos filmes três e quatro que estejam completamente fora de sincronia com a linha do tempo. Naturalmente, há a questão da sobrevivência de Xavier no final do Last Stand, mas isso é um outro tópico inteiro ...
Espero que eu possa ajudar a esclarecer sua dúvida e que você esteja satisfeito com a minha resposta. Se houver mais alguma coisa, me avise: -)