No artigo sobre o episódio que você mencionou ( Força da Natureza ), afirma (em "Continuidade" ):
According to the unpublished VOY Season 1 edition of the Star Trek: Voyager Technical Guide, by Rick Sternbach and Michael Okuda, it was suggested that because of the variable geometry pylons, warp fields may no longer have a negative impact on habitable worlds as established in this episode.
A idéia era que quando a Voyager entrou em dobra e a bolha da urdidura estava se formando, os motores de dobra foram deslocados; e esse único deslocamento (na formação da bolha de dobra) alterou a natureza do campo de dobra, de modo que não danificaria mais o subespaço.
Portanto, não foi a posição final das naceles que evitaram danos ao subespaço, como foi o movimento durante a formação do campo de dobra, que mudou a natureza da bolha em torno do navio.