A história é Sonata Desacompanhada , por Orson Scott Card. Eu tenho isso na coleção Card's Maps in a Mirror .
A história, como você se lembra bem, é sobre um prodígio musical que está isolado desde cedo, permitindo apenas ouvir os sons da natureza para não ser contaminado pela música existente. Seu "instrumento fantástico", como você diz, é referido apenas como O Instrumento:
It was a console with many keys and strips and levers and bars, and when he touched any part of it a sound came out. Every key made a different sound; every point on the strips made a different pitch; every lever modified the tone; every bar altered the structure of the sound.
(Mapas em um espelho, p.278)
Mas ele ouve um pouco de Bach, e isso é refletido em suas composições, e ele é punido e expulso, e então repetidamente punido novamente, severamente, quando ele continua a criar música apesar de não estar autorizado a fazê-lo.
É uma ótima história.