Não, você não deve ter problemas apenas por causa disso. Com base na experiência pessoal, os guardas de fronteira da Espanha são bastante frouxos em carimbar passaportes (em violação do Código de Fronteiras Schengen, BTW), e suas embaixadas sabem disso.
Guarde o seu cartão de embarque e as provas da sua presença fora do espaço Schengen (alguns recibos, etc.) e apresente-o à embaixada caso seja desafiado. As embaixadas de Schengen geralmente acompanham você se alguma papelada extra for necessária (novamente com base na experiência pessoal).