Duas razões. Uma que aprendemos durante o episódio e uma que aprendemos mais tarde.
Primeiro:
O veneno em particular que River usa é identificado pela interface de voz TARDIS como "o veneno da árvore de Judas" e observa que "a regeneração [é] desabilitada".
A partir da transcrição:
HOLO-AMELIA: Your system has been contaminated by the poison of the Judas tree. You will be dead in thirty two minutes.
DOCTOR: Okay. So, basically better regenerate, that's what you're saying.
HOLO-AMELIA: Regeneration disabled. You will be dead in thirty two minutes.
DOCTOR: Unless I'm cured, yeah?
HOLO-AMELIA: There is no cure. You will be dead in thirty two minutes.
O Silêncio sabe que o Doutor é um Senhor do Tempo; eles sabem que ele pode se regenerar. Então, se eles querem matá-lo, eles teriam que ter encontrado algo que poderia ignorar sua capacidade de regeneração. Presumivelmente, esse veneno em particular tem essa capacidade.
(Por que a energia de regeneração de River funciona quando o próprio Doctor não - talvez seja por causa da quantidade de energia; ela deu a ele todas as regenerações restantes de uma só vez. Ou talvez seja porque o veneno está de alguma forma sintonizado com sua bioenergia, e é por isso que ela poderia tê-lo em seus lábios sem matá-la, mas apenas o toque dele nos lábios do Doctor é suficiente para contaminar o sistema dele.)
Mas, ainda mais importante, (e estou estragando isso, pois não sei se você assistiu além desse episódio):
The Doctor doesn't have any regenerations left at this point. He may be the 11th Doctor, but he is on his 13th and final incarnation. There is an entire regeneration between the 8th and 9th Doctors that fought in the Time War that refused the name "Doctor" that he doesn't talk about, and the partial regeneration of the 10th Doctor during Journey's End winds up also counting. So it turns out that even a conventional weapon would have killed the Doctor at this point, though he's going to great lengths not to let anyone know that. (Wouldn't you?)