TLDR: Como o recurso "Qualificado" nas Características Raciais Humanas não é uma característica física, ele não é ganho nem perdido por efeitos mágicos como Polimorfia Qualquer Objeto ou Reencarnação que alteram sua raça, pois esses efeitos especificamente não mudar a mente da criatura alvo.
O Feitiço de Reencarnação no Pathfinder diz:
A reincarnated creature recalls the majority of its former life and
form. It retains any class abilities, feats, or skill ranks it
formerly possessed. Its class, base attack bonus, base save bonuses,
and hit points are unchanged. Strength, Dexterity, and Constitution
scores depend partly on the new body. First eliminate the subject’s
racial adjustments (since it is no longer necessarily of his previous
race) and then apply the adjustments found below to its remaining
ability scores. ... The reincarnated creature gains all abilities
associated with its new form, including forms of movement and speeds,
natural armor, natural attacks, extraordinary abilities, and the like,
but it doesn’t automatically speak the language of the new form.
Todos os exemplos específicos de habilidades obtidas da nova forma no feitiço Reencarnação são devidos a mudanças na sua forma física, você só ganha as habilidades e traços raciais que estão associados ao corpo físico da nova forma. Da mesma forma, você só perde as habilidades e traços raciais associados ao corpo físico da sua antiga forma. É por isso que sua Força, Destreza e Carisma podem mudar, mas sua Inteligência, Sabedoria e Carisma não mudam, mesmo que sua nova forma normalmente receba um bônus ou negativo para um escore de habilidade mental.
Então, do ponto de vista da RAW, não, você não ganharia nem perderia pontos de habilidade baseados em se tornar humano ou se transformar de humano em outra coisa.
Eu também afirmo que o RAI e um bom senso de verossimilhança no jogo também exigem que seus pontos de habilidade permaneçam inalterados por efeitos que mudam apenas sua fisicalidade, como o feitiço Reencarnação.
Os pontos extras de habilidade em questão são um benefício cultural de serem criados como humanos e se destinam a representar a diversidade da cultura humana. Da mesma forma, você não iria adquirir um talento adicional porque você era reencarnado como humano.
Por fim, só faz sentido que você retenha quaisquer habilidades culturais de sua forma anterior, como o lançamento de feitiços raciais ou o treinamento com armas, já que essas são coisas que você já aprendeu e que não são apagadas da sua memória.
No caso de feitiços polimórficos:
No Pathfinder, Polymorph é uma família inteira de feitiços que abrangem tudo, desde Alter Self a Forma do Dragão, todos os quais oferecem principalmente menores benefícios de ser o tipo de criatura que você transforma, ao invés de mudar fundamentalmente todos os aspectos do alvo. Na maioria dos casos, ele modifica alguns dos seus escores de habilidade física, suas habilidades sensoriais e habilidades de movimento, como voar, escavar, nadar, etc. O Feitiço que você cita especificamente em sua pergunta, Polymorph Any Object, indica que funciona como Greater Polimorfia (que o direciona para várias formas de magias de transformação listadas acima), exceto que você pode transformar qualquer coisa em qualquer outra coisa. No entanto, ele não diz que altera a mente de uma criatura senciente que é direcionada , ao contrário, pode conceder senciência a um objeto não-senciente transformado em uma criatura senciente .
O Polimorfo do Inferno é o único que eu conheço que especifica que ele altera o estado mental do alvo:
The creature loses its extraordinary, supernatural, and spell-like
abilities, loses its ability to cast spells (if it had the ability),
and gains the alignment, special abilities, and Intelligence, Wisdom,
and Charisma scores of its new form in place of its own.
Mesmo neste caso, no entanto:
It still retains its class and level (or HD), as well as all benefits
deriving therefrom (such as base attack bonus, base save bonuses, and
hit points). It retains any class features (other than spellcasting)
that aren’t extraordinary, supernatural, or spell-like abilities.
Habilidades raciais que não o treinamento de conjuração não são abordadas especificamente, mas pode-se presumir que coisas como pontos de perícia, talentos, treinamento com armas e similares permaneceriam inalteradas e, supondo que a anatomia da nova forma o permita, disponível para o assunto do feitiço polimorfo.
Além disso, como sua pergunta era sobre o Polimorfo Qualquer Objeto, em vez do Polimorfo do Inferno, a habilidade de conjurar magias e as habilidades mentais do alvo não seriam alteradas. Eu incluí o Polimorfo do Infortúnio para provar que, mesmo no caso mais extremo de mudança de forma disponível no jogo, seus pontos de habilidade ainda permaneceriam inalterados pela transformação.