Resposta curta: não há problema em reservar pela Expedia / Orbitz, desde que a companhia aérea seja a operadora, e você tenha que ligar para a companhia aérea certa.
Por exemplo, se você reservar a passagem da British Airways na Expedia e for a empresa de marketing e operação do voo, não terá problemas em ligar para a British Airways para adicionar a solicitação do berço à sua reserva, supondo que ainda estão disponíveis.
Aqui está a parte complicada: digamos que você veja um voo na Expedia, comercializado como British Airways, mas operado pela American Airlines. Depois de reservar o voo, você receberá um número de reserva para a British Airways, mas não para a American Airlines. Se você ligar para a British Airways, eles não poderão solicitar o berço para você, já que a American Airline tem o controle para isso. O que você pode fazer é perguntar sobre o seu número de reserva da "American Airlines". Com este código de 6 caracteres (diferente do original), você pode ligar para a American Airlines para solicitar o berço. No entanto, é baseado na disponibilidade e na prioridade. Então não é garantido.