Você deve entrar em contato com o consulado do país que emitiu o seu visto e pedir-lhe para cancelá-lo. Certifique-se de colocar um selo "cancelado sem prejuízo". Se o fizerem, você não deve ter problemas para obter vistos Schengen no futuro.
Se o seu visto estiver prestes a expirar, os consulados não terão nenhum problema em cancelá-lo. Mas suas circunstâncias são diferentes e muito incomuns. É difícil dizer se o consulado vai pedir uma razão (provavelmente, será) e concordar em cancelar seu visto (é provável que cancelem seu visto).