Smith é um exilado.
A resposta de Richard está correta, mas eu gostaria de fazer alguns pontos adicionais.
Lembre-se da explicação do Oracle sobre como os programas se tornam exilados:
The Oracle: They have their reasons, but usually a program chooses exile when it faces deletion.
Neo: And why would a program be deleted?
The Oracle: Maybe it breaks down. Maybe a better program is created to replace it - happens all the time, and when it does, a program can either choose to hide here, or return to The Source.
The Matrix Reloaded
Agente Smith quase literalmente "quebrou" quando sua concha foi quebrada por Neo no final de Matrix . Além disso, ele foi indiscutivelmente substituído pelos agentes atualizados Johnson, Thompson e Jackson. Então ele definitivamente se encaixa nos critérios de um programa que é forçado a escolher entre esconder "aqui" (na Matriz) ou retornar à Fonte.
Alguns minutos depois, Smith explica o que aconteceu a partir de sua perspectiva:
You destroyed me, Mister Anderson. Afterward, I knew the rules, I understood what I was supposed to do but I didn't. I couldn't. I was compelled to stay, compelled to disobey. And now here I stand because of you, Mister Anderson, because of you I'm no longer an agent of the system, because of you I've changed - I'm unplugged - a new man, so to speak, like you, apparently free.
É claro que Smith foi confrontado com uma escolha como a descrita pela Oracle, e ele diz que está "aqui" - isto é, na Matriz, assim como o Oráculo disse sobre um exílio (eles até usam o mesmo palavra). Smith também explicitamente diz que ele não é mais um agente do sistema. Se Smith não é mais um agente, isso pode significar apenas uma das duas coisas: ele foi sinalizado para exclusão ou, como você sugere, ele foi re-proposto pelas máquinas. Ele não pode ser redirecionado, no entanto, porque as máquinas perderam o controle de Smith e fizeram um acordo com Neo para parar ele:
Neo: The program Smith has grown beyond your control. Soon he will spread through this city, as he spread through the Matrix. You cannot stop him. But I can.
Deus Ex Machina: We don't need you!
Neo: If that's true, then I've made a mistake, and you should kill me now.
Deus Ex Machina: What do you want?
Neo: Peace.
The Matrix Revolutions
Como Smith não foi re-proposto pelas Máquinas, por processo de eliminação ele foi marcado para exclusão. Considerando que as Máquinas estavam dispostas a conceder paz a Zion em troca de Neo destruir Smith, é óbvio que as Máquinas estavam tentando excluí-lo. Para citar o Oracle:
...it's tough to get any more obvious than that.
The Matrix Reloaded
[Essa citação da Oracle pode parecer um pouco condescendente, mas essa não é minha intenção - é simplesmente perfeita e relevante de uma citação, e não resisto a omiti-la. :)]
Resolvendo suas objeções específicas:
Another important evidence is that Smith said to Sati:
You must be the last exile.
Você pode dizer que Sati é o último exílio de Smith a assumir
ou ela é o último exilado que retorna para a Matriz.
Smith quase certamente significa que Sati é o último exilado restante na Matriz porque nesse ponto Smith havia assimilado quase todos na Matriz (e estava prestes a assimilar o Oráculo). Uma simples citação com uma explicação alternativa perfeitamente razoável não é suficiente para derrubar a evidência de que Smith é um exilado.
Você também mencionou uma objeção sobre a cor do código de Smith:
During his take-over of the Oracle, we could see his code is no different from other normal programs. They didn't appear to be flagged for deletion.
Nós só vemos duas cores de código nos filmes: verde e dourado. A grande maioria dos programas no Matrix tem código verde, enquanto o código de ouro é geralmente visto para as Máquinas no mundo real. A única exceção é Seraph, mas isso não tem nada a ver com seu status de exilado. Seraph era um exilado, mas perdeu seu status de exilado quando foi contratado pelo Oráculo para protegê-la. Como o Oracle é "o que mais importa", Seraph tem um propósito muito importante e não será excluído. Incidentalmente, o comentário de Smith de que Sati foi o último exilado é a melhor prova de que Seraph não é um exilado desde que Seraph estava ao lado de Sati quando Smith disse isso . O fato de o código de Smith ser verde não nos diz nada sobre seu status de exilado.