Isso realmente funciona em conjunto. Observe o texto:
You gain a +1 feat bonus to attack rolls you make with any weapon with which you have proficiency and with a wand or another item designated as a bard implement.
A primeira parte dá-lhe um bônus nas jogadas de ataque que você faz com qualquer arma com a qual você tenha proficiência. O segundo lhe dá bônus com varinhas ou outros instrumentos de bardo.
Note que ele não diz "rolagens de ataque de arma". Em vez disso, diz "jogadas de ataque feitas com qualquer arma". Eles não são os mesmos.
Agora, as regras para armas como implementos e vice-versa:
Using a Weapon as an Implement: If an adventurer is able to use a weapon as an implement, the weapon works like a normal implement, but the adventurer uses neither the weapon’s proficiency bonus nor its nonmagical weapon properties with his or her implement powers.... When an adventurer uses a magic version of the weapon as an implement, he or she can use the magic weapon’s enhancement bonus, critical hit effects, properties, and powers. However, some magic weapons have properties and powers that work only with weapon powers (Rules Compendium 275).
Você está fazendo um ataque com uma arma com a qual você tem proficiência. Você está usando isso como um implemento, mas isso não importa - o texto diz que você recebe o bônus com jogadas de ataque feitas com qualquer arma, e você está fazendo um teste de ataque com uma arma.
Esta questão surge de várias formas no jogo. Por exemplo, se você estiver usando um Shortbow de Gelo, poderá anexar um Fragmento de Siberys de Frio Impiedoso a ele para causar dano extra, o que funcionaria mesmo ao fazer um ataque de implemento. Se você estiver usando um Shortbow de Weapon of Speed, faça um Attack Básico de Longo Alcance com ele uma vez por encontro como uma ação secundária ... mesmo que o RBA esteja usando o arco como um implemento, não como uma arma.