O cenário que você descreve não é incomum e há algumas razões jurídicas / políticas e de marketing por que seria esse o caso.
Cabotagem / Liberdades do Ar
A companhia aérea pode não ter o direito de transportar passageiros de A-B, embora eles possam transportá-los A-B-C. Por exemplo, se o segmento for doméstico e a companhia aérea for estrangeira, a companhia aérea deve ter direitos de cabotagem . A maioria dos países proíbe que transportadoras estrangeiras (seja no ar, em terra ou no mar) concorram com as transportadoras domésticas, as únicas exceções dentro de certos blocos econômicos, como a UE.
Por exemplo, o Qantas QF108 atualmente voa entre Nova York-JFK e Sydney via Los Angeles. A Qantas é uma companhia aérea australiana. A Austrália e os Estados Unidos não têm um tratado que permita a cabotagem, portanto a Qantas é proibida pela lei americana de transportar passageiros entre pontos dentro dos Estados Unidos. Assim, você pode reservar um voo no QF108 JFK-LAX-SYD, ou LAX-SYD, mas não no JFK-LAX.
Discriminação de preços
Tal como acontece com muito nos preços das companhias aéreas, existem algoritmos misteriosos baseados em padrões históricos de viagens e projeções de receitas por trás de cada cotação de tarifa. É perfeitamente possível, por exemplo, que a US Airways esteja disposta a vender o seu ingresso DCA-PHL-MAD, mas não o DCA-PHL, talvez tentando manter esses assentos abertos para os passageiros com conexões de receitas mais altas. Certamente, voos como o DCA-PHL custam consideravelmente mais do que se poderia esperar com base na distância ou demanda, em parte por esse motivo.
Existem mais algumas possibilidades remotas, como paradas técnicas sendo representadas como destinos intermediários ou um segmento de um < href="https://travel.stackexchange.com/questions/7601"> voo direto não disponível para compra separada, mas acredito que os dois acima devem ocorrer na maioria dos casos.