Suponho que você está dizendo que está aquecendo sua sopa ao reaquecer.
O micro-ondas efetivamente ferve a água dentro dos alimentos, principalmente na superfície, e no mínimo a deixará mais seca do que antes.
Quanto ao cheiro, a água removida do frango pode desmascarar um certo cheiro na comida ou até mesmo levá-la para fora e entregar o cheiro ao nariz.