Resposta curta : Não, não inerentemente. As únicas magias que são inerentemente más são aquelas com o descritor do Mal.
Resposta longa : Depende do que você está fazendo o alvo. Um argumento pode certamente ser feito que geas é uma forma de coerção, que contaria como mal (como seu amigo sugeriu). No entanto, acho que o mundo do Pathfinder / D & D segue muito uma filosofia de "fins justificam os meios". Se isso não acontecesse, os Paladinos não poderiam atacar ou ferir criaturas malignas, já que ataques e mortes também são atos "malignos".
Dado que, eu diria então se você impuser algo a alguém para realizar atos malignos, então o ato de colocar esse motivo também é maligno. Se, como em seu exemplo acima, você usa o geas para ajudar a causa do bem maior, então o geas não é mau em si mesmo. Na área menos clara de usar um geas para forçar um indivíduo a fazer algo que não avança a causa do bem ou do mal ("limpe minha casa"), então eu me inclinaria para ser um ato maléfico, já que é uma maneira de intimidá-los a fazer algo que é contra os seus desejos (presumivelmente, uma vez que não faz sentido colocar alguém em alguém para fazer algo que eles fariam de qualquer maneira). Em geral, a "bondade" dos geas é derivada do ato ou serviço que você está forçando o alvo a realizar.
Isso tudo dito, estou assumindo uma configuração padrão de D & D / Pathfinder. Eu acho que se o seu clérigo segue uma divindade de livre arbítrio, então o ato certamente não seria visto favoravelmente. Se o seu cenário considera alguns atos (notavelmente matar) inerentemente maus, não importa quem o comete ou qual o motivo, então a resposta pode mudar.
O livro de obras exaltadas do D & D versão 3.5 vai a fundo neste tópico (eu acredito), se você quiser ler mais sobre o assunto.