Sim, Stunning Strike pode ser usado com artes marciais. Isso era verdade no PHB original e ainda é verdade ao considerar a errata publicada em 2015.
Embora ataques desarmados não sejam mais listados como armas brancas na mesa de armas.
Weapons (p. 149). Unarmed strike doesn’t belong on the Weapons table.
Outra alteração classifica explicitamente um ataque desarmado como um ataque de arma corpo a corpo apesar de não ser realmente uma arma.
Melee Attacks (p. 195). The rule on unarmed strikes should read as follows:
“Instead of using a weapon to make a melee weapon attack, you can use an unarmed strike: a punch, kick, head-butt, or similar forceful blow (none of which count as weapons). On a hit, an unarmed strike deals bludgeoning damage equal to 1 + your Strength modifier. You are proficient with your unarmed strikes.”
(OBSERVAÇÃO: O objetivo da distinção é evitar, por exemplo: tentar usar uma habilidade para encantar uma arma em uma parte do corpo.)
Há mais discussão geral sobre este assunto nesta questão .
Como um aparte: seria um pouco incongruente encorajar simultaneamente o combate desarmado e incluir recursos que simplesmente não funcionam quando desarmados. Não estou dizendo que esses tipos de inconsistência não acontecem. Pelo contrário, é o tipo de design altamente contraditório que normalmente exigiria uma justificativa muito cuidadosa para os designers incluírem.