Porque eles não tiveram escolha no final.
Lembre-se de que a bomba original destinava-se apenas a destruir o stargate, de modo que não pudesse ser usado para ameaçar a Terra.
No entanto, a bomba foi alterada por Ra para ser 100 vezes mais destrutiva do que a original. Essencialmente, era um destruidor do planeta.
Consequentemente, incapaz de parar a contagem regressiva ou desativar o dispositivo O'Neil e Jackson usaram a única opção disponível. Mande-o de volta para a nave de Ra no espaço para salvar tanto a Terra quanto o planeta deserto (que eventualmente seriam chamados Abydos) ... e talvez, não por coincidência, levem Rá ao inferno.
Supondo que as crianças ainda estavam na pirâmide, o que parece provável, elas também foram mortas.