Eu fiz alguns testes e parece ser a hora dos pontos inicial e final que você forneceu. Eu escolhi uma rota que passa uma fronteira de tempo (entre Espanha e Portugal) e é isso que eu recebo:
Como você pode ver, leva em conta os fusos horários, já que a hora de chegada é antes do horário de partida (porque é compensada pela diferença de horário).
Só para confirmar, procurei outra viagem de trem dessa vez e escolhi uma hora às 10h. Estou localizado em GMT + 8, a viagem de trem é na Suíça, que é GMT + 1. Então, se está levando em conta o tempo do meu computador, isso daria para tentar encontrar conexões saindo às 3:00 da manhã. É claro que não encontraria nenhum, já que não existem trens funcionando no meio de sem trens a noite.
Como eu entendo conexões, isso deve significar que está considerando 10:00 AM na Suíça e não onde meu computador está localizado.
Acho que com isso (e, claro, também o manual oficial indicado na outra resposta ) é bastante seguro Dizer que o Google fornece a você a hora local em seus pontos de partida e chegada e não leva em consideração a hora local do seu sistema.