Os showrunners de Bones sempre foram extremamente modestos sobre se esses elementos sobrenaturais são reais, ou se têm uma explicação do "mundo real". Você está correto em sua suposição de que programas como "Hero in the Hold" são intencionalmente deixados vagos (como os episódios posteriores em que, por exemplo, aparentemente vemos um médium / médium legítimo).
No entanto, houve comparações ocasionais entre Bones e o hit anterior da Fox The X-Files . De fato, a partir do episódio piloto:
Booth: What’s it going to take?
Brennan: Full participation in the case.
Booth: Fine.
Brennan: Not just lab work. Everything.
Booth: What? You want me to spit in my hand? We’re Scully and Mulder.
Brennan: I don’t know what that means.
Com Bones , Booth tem uma strong crença espiritual, enquanto Brennan é altamente cético, paralelamente à dinâmica de Mulder / Scully, embora obviamente em um nível muito mais "fundamentado".
Esta comparação foi apresentada novamente para descrever Sleepy Hollow , bem como especificamente o episódio de crossover:
“The Bones/Sleepy Hollow crossover is like a great episode of The X-Files, where the Bones hour is the Scully, logic-based perspective and the Sleepy Hollow hour is more Fox Mulder-esque,” src
Nos Arquivos X , as coisas sobrenaturais que vemos são definitivamente reais; da mesma forma, como você apontou, as coisas sobrenaturais são definitivamente reais em Sleepy Hollow Na minha opinião, a escolha pelos produtores para fazer essas comparações implica strongmente que no universo de Bones , existem algumas coisas "inexplicáveis" acontecendo além da capacidade de Brennan de explicar com a ciência, e exigem que aceitemos um certo grau do sobrenatural.