Antes de mais nada, note que The Doctor, mesmo agora, ainda não pode saber como os sacerdotes se parecem, ou lembrar de qualquer coisa que ele tenha aprendido sobre eles enquanto olha para suas imagens. Assim, suas informações sobre o propósito geneticamente modificado devem ter vindo de algum outro lugar. A resposta mais provável é os próprios registros da Igreja, que ele poderia ter obtido a qualquer momento em Tasha Lem. Não vemos muita chance de ele fazer isso em Trenazlore, embora seja possível que ele tenha feito escavações a bordo do navio, mas fora da tela.
Mas, mesmo que ele soubesse sobre eles antes de Trenazlore, é provável que ele não os identificasse como as mesmas criaturas que ele lutou na Terra. Aqueles que estavam trabalhando com Madame Kovarian definitivamente não estavam se comportando como padres confessores. Eles estavam mexendo com a história da Terra e tentando matar o doutor e seus amigos. Já que ele não sabe como são os sacerdotes, quando ele viu um na Terra ele não o reconheceria. Seu comportamento não soa como o que você esperaria de um padre, e naquele momento em sua linha do tempo, ele não sabia o que "A Igreja do Silêncio" realmente era. Assim, não havia muito o que conectar as duas criaturas.
Baseado em suas ações em Tempo do Doutor , parece que ele não fez a conexão final até que ele estava em Trenazlore. Se nada mais, uma vez que ele ouviu Tasha Lem renomear a Igreja em "A Igreja do Silêncio", ele teria descoberto o resto. Ele ainda não reconheceria um tal padre se ele visse, mas quando Clara perguntou sobre aquelas criaturas estranhas, andando pelo Mainframe Papal, que ela continua esquecendo assim que ela desviou o olhar, The Doctor reconheceria aqueles como sinais de um padre próximo.
A principal falha nessa lógica, é claro, é que essas criaturas são as únicas que vimos até agora com o efeito de redefinir a memória nos outros. Isso parece único o suficiente para acionar algumas bandeiras vermelhas na mente do Doctor. No entanto, note que The Doctor diz que as pessoas tendem a esquecer tudo sobre eles depois de não vê-los por um tempo - Canton Delaware esquece que eles ainda existem depois de um curto período de tempo. Assim, mesmo que o Doutor fizesse a conexão mental com os da Terra, ele provavelmente esqueceria essa conexão muito rapidamente. Foi somente quando ele fez a conexão através de algum outro caminho, como acima, que finalmente ficou preso.