Isso seria OK desde que você envie tanto antigo como novos passaportes no VFS.
Se você não tiver mais o antigo ou estiver danificado a ponto de não ser reconhecido como titular, será necessário alterar o aplicativo. Eles permitirão correções de caneta e tinta inócuas, mas não para o número do passaporte. E você não pode aparecer no VFS no momento da coleta com um passaporte diferente.
Como você já "bloqueou" seu aplicativo, talvez seja necessário enviar um novo aplicativo.
Notas:
Os parágrafos 24 e V 2.2 (d) exigem um documento de viagem válido. "Válido" neste contexto é indefinido e intencionalmente ambíguo.