Não, isso não mudará o aroma comparado ao aquecimento convencional.
Geralmente, o aquecimento altera o aroma. Mas muda da mesma forma no aquecimento convencional e no aquecimento por microondas (dado que você aquece à mesma temperatura interna, o que pode ser um tempo e configurações de energia muito diferentes para diferentes tipos de dispositivos de aquecimento).
O que as microondas mudam é a textura. É por isso que o microondas é considerado "uma coisa horrível" entre os chefs. Você não pode assar massas ou massas nela, e outras coisas como legumes também podem sofrer. Depois, há o problema com o aquecimento irregular. Nenhum desses fatores importa com líquidos. Você pode aquecer leite, vinho, qualquer coisa, no microondas, sem temer uma mudança de sabor.