Não há nada de errado com sua receita. Isso não é apenas típico, não pode ser alterado.
O sentido do olfato humano é desencadeado por moléculas flutuando no ar que respiramos. Quando você faz um molho de chocolate, algumas de suas moléculas são voláteis - isto é, não muito ligadas ao molho, prontas para sair da superfície e flutuar no ar como um balão de hélio quando uma rajada de vento rasga sua corda - e outras (a maioria deles) não são, eles ficam onde estão.
As moléculas voláteis entram no ar, nós as inspiramos e sentimos o cheiro do chocolate. Mas depois de algum tempo, todos os que eram voláteis começaram a flutuar e não estão mais lá.
A outra coisa que está acontecendo é provavelmente algumas reações químicas. Não tenho certeza dos detalhes, mas com algo tão complexo quanto o chocolate, tem que haver um pouco de degradação acontecendo. Com o chocolate sendo tão estável durante longos períodos de tempo, eu diria que isso contribui muito menos para o efeito, mas estou adicionando aqui para a perfeição.
Portanto, não há nada a ser feito. Se você tentar de alguma forma "ancorar" as moléculas olfativas ao chocolate, elas não irão embora, mas elas também não estarão disponíveis para serem cheiradas. De qualquer forma, você não consegue fazer o cheiro se demorar. Se você quiser molho que cheira fresco, você tem que torná-lo fresco.